Apja, Benyovszky Sámuel császári lovassági tábornok halála után sógorai kizárták az örökségből. Benyovszky fegyverrel próbált jogainak érvényt szerezni, ami ahhoz vezetett, hogy Mária Terézia megfosztotta birtokaitól és száműzte birodalma területéről.

Részt vett az 1767. évi lengyel nemesi felkelésben az orosz megszállókkal szemben. Fogságba esett, majd kamcsatkai száműzetése alatt felkelést szervezett és társaival egy elfoglalt hajón Amerikába próbált eljutni.

Az észak-csendes-óceáni útról naplót vezetett, eszerint Alaszkáig is eljutottak, majd – többek között – Tajvan érintésével Makaóig hajóztak. Visszatértek Európába, de útközben érintették Madagaszkárt, amely új ötleteket adott Benyovszkynak.

Franciaországban XV. Lajos bizalmát elnyerve megbízást kapott egy madagaszkári gyarmatszerzési vállalkozásra. Benyovszky előre eldöntötte, hogy nem fog erőszakos hódítóként fellépni, hanem együttműködésre törekszik a bennszülöttekkel.

Benyovszky nemcsak a bennszülöttek rokonszenvét nyerte el, de hamarosan pletyka kezdett terjedni köztük, mely szerint ő a legfőbb törzsfőnök unokája, tehát az örököse. Az, hogy volt-e ilyen pletyka, erősen kérdéses, az azonban tény, hogy madagaszkári kormányzósága idején három expedíciót küldött a sziget európaiak számára addig ismeretlen területnek számító belsejébe. Madagaszkár megismeréshez sokat hozzátettek az expedíciók tapasztalatairól szóló írásos beszámolók.

Visszautazott Európába, ez idő alatt vett részt a bajor örökösödési háborúban, amivel visszaszerezte a bécsi udvar bizalmát és elnyerte a grófi címet. Állandó motivációja maradt azonban, hogy visszatérhessen Madagaszkárra, de sem a francia, sem az angol kormánytól nem kapott már megbízást erre, ezért 1784-ben az Egyesült Államokba utazott, ahol végül támogatókra talált.

1784 októberében indult Madagaszkárra a baltimore-i kereskedelmi társaság képviseletében, ám végül Brazília partjainál kötött ki, innen küldte el utolsó levelét. Mindaz, ami ezt követően történt vele más csak társai leleveleiből ismeretes.

1785 májusában kötött ki Madagaszkár északnyugati partján, hogy új telepet alapítotson. A saját szakállára tervezett gyarmatosítást azonban a franciák nem nézték jó szemmel, a szomszédos szigetről csapatot küldtek ellene, Benyovszky az első összecsapásban életét vesztette.